Su técnica, de carácter defensivo (no de ataque) y basada en el combate con las manos vacías, cada vez más perfeccionada, llegó a oídos de las altas autoridades militares y políticas de Tokio, ante las cuales hizo una serie de demostraciones en el otoño de 1925. El éxito fue tan grande que el antiguo Primer Ministro, el conde Gonnohyoe Yamamoto, le pidió que impartiera un seminario formativo para oficiales del ejército y figuras prominentes de la Casa Imperial, así que pasó una algún tiempo impartiendo su docencia en los más prestigiosos centros de Japón, como la Academia Naval de Toyama, la Academia de Policía Militar y en el Colegio Militar; un tiempo que Ueshiba, por su parte, aprovechó para instruirse en el arte del Kendo.

Poco después, la secta de Onisaburo fue declarada rebelde por el gobierno, así que en el año 1931, previendo problemas, decidió retirarse de la vida pública y confiar la dirección del dojo donde enseñaba su doctrina, que había ido formulando durante la década de los veinte, a su hijo, Ueshiba Kishomaru.

En 1935, echando mano de sus ahorros, compró unas tierras en los alrededores de Iwama, al norte de Tokio. Estableció una granja donde instituyó un santuario dedicado a su forma de vida (el aiki) al que se retiró; allí aspiraba a unir los objetivos del aikido -nombre que había dado en 1938 al conjunto de prácticas que constituían su técnica-, con una vida dedicada a la agricultura. Muchos fueron los que intentaron frecuentar su dojo, pero Ueshiba no aceptaba a cualquiera; entrevistaba personalmente a los aspirantes y era muy selectivo.

La segunda visión ocurrió entonces, en diciembre de 1940, cuando practicaba una purificación ritual y repentinamente olvidó todo lo que había aprendido y las técnicas a las que había dedicado tantos años de práctica se le aparecieron completamente renovadas. Ahora eran vehículos de conocimiento y de vida, en vez de recursos para destruir a la gente.

Con el estallido de la Guerra del Pacífico en diciembre de 1941, muchos jóvenes fueron llamados a filas y el aikido perdió numerosos alumnos. Fue entonces, en uno de los períodos más dramáticos de la historia de Japón, cuando tuvo la tercera visión. Se dio cuenta entonces de que el bushido había sido malinterpretado, pues el verdadero camino del guerrero era el Arte de la Paz, no el de la Guerra, y debía concretarse en una disciplina creativa del cuerpo y la mente, un medio de manejarse ante la agresión constante de la vida.

En los años inmediatos a la Segunda Guerra Mundial el aikido, junto con las demás artes marciales, fue proscrito por la ley, pero Ueshiba juró junto a un puñado de sus discípulos mantener viva la llama del aikido. El 9 de febrero de 1948 el gobierno le permitió volver a abrir su dojo en Tokio, que fue declarado como una asociación filantrópica, con el nombre de aikikai.

El aikido ya estaba consolidado como un arte diferente al resto de artes marciales, y la fama de Ueshiba se extendía a lo largo del país. En septiembre de 1956 fue reconocido oficialmente en Tokio y en 1960 hizo la primera demostración pública de aikido, patrocinada por el aikikai. En 1961 viajó a las islas Hawai para asistir a la ceremonia de apertura de un nuevo dojo. Tres años más tarde fue condecorado por el emperador y en 1967 abrió un nuevo dojo en Tokio. Para entonces ya había contraído la terrible enfermedad que luego le llevaría a la muerte, así que se retiró a su granja, donde murió dos años después. Fue sucedido por su hijo, quien recogió sus enseñanzas espirituales en un libro titulado El espíritu del aikido.

Las anécdotas son numerosas en la vida de Ueshiba. Algunas forman parte de la leyenda; otras son realidad, y de ellas fueron testigos sus contemporáneos. A veces fueron filmadas o fotografiadas. Se dice que aun cuando era un anciano de ochenta años y con tan sólo cincuenta y seis kilos de peso, podía desarmar a cualquier enemigo, vencer cualquier número de atacantes e inmovilizar a un oponente con un solo dedo. Nunca atacaba, pues esto significaría haber perdido el control; Morihei era sobre todo un hombre de paz que detestaba toda clase de violencia, y que trataba de evitar el enfrentamiento mediante la armonía.